R语言可视化UpSetR包怎么使用

本篇内容介绍了“R语言可视化UpSetR包怎么使用”的有关知识,在实际案例的操作过程中,不少人都会遇到这样的困境,接下来就让小编带领大家学习一下如何处理这些情况吧!希望大家仔细阅读,能够学有所成!

创新互联公司专注于灯塔网站建设服务及定制,我们拥有丰富的企业做网站经验。 热诚为您提供灯塔营销型网站建设,灯塔网站制作、灯塔网页设计、灯塔网站官网定制、重庆小程序开发服务,打造灯塔网络公司原创品牌,更为您提供灯塔网站排名全网营销落地服务。

今天介绍一个R包UpSetR,专门用来集合可视化,来源于UpSet,Python里面也有一个相似的包py-upset。此外还有个UpSetR shiny  app以及源代码。

安装

两种方式安装:

#从CRAN安装  install.packages("UpSetR")  #从Github上安装  devtools::install_github("hms-dbmi/UpSetR")

数据导入

UpSetR提供了两个函数fromList以及fromExpression将数据转换为UpsetR适用的数据格式。 

#fromList  listinput <- list(one = c(1, 2, 3, 5, 7, 8, 11, 12, 13), two = c(1, 2, 4, 5,  10), three = c(1, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 12, 13))  #fromExpression  expressionInput <- c(one = 2, two = 1, three = 2, `one&two` = 1, `one&three` = 4,  `two&three` = 1, `one&two&three` = 2)

接下来就可以绘制绘制图形了

library(UpSetR)  upset(fromList(listinput), order.by = "freq")  #下面绘制的图形等同于上图  upset(fromExpression(expressionInput), order.by = "freq")

 R语言可视化UpSetR包怎么使用

参数详解

下面所有的例子都将使用UpSetR内置的数据集movies来绘制。

#导入数据  movies <- read.csv(system.file("extdata", "movies.csv", package = "UpSetR"), header = TRUE, sep = ";")  #先大致浏览一下该数据集,数据集太长,就只看前几列  knitr::kable(head(movies[,1:10]))

 R语言可视化UpSetR包怎么使用

该数据集展示的是电影名(name)、发行时间(ReleaseDate)以及电影类型,多了去了就不详讲了,自个可以看去。

UpsetR绘制集合可视化图形使用函数upset()。

upset(movies, nsets = 6, number.angles = 30, point.size = 2, line.size = 1, mainbar.y.label = "Genre Intersections", sets.x.label = "Movies Per Genre", text.scale = c(1.3, 1.3, 1, 1, 1.5, 1))

 R语言可视化UpSetR包怎么使用

解释一下上面部分参数:

  • nsets: 顾名思义,就是展示几个集合,movies数据集由20几个集合,不可能全部展示,另外从图中可以看出,这6个集合应该不是按顺序选择的。

  • numble.angle: 柱子上的数字看到了吧,这个参数就是调整数字角度的,可有可无的

  • mainbar.y.label/sets.x.label:坐标轴名称

  • text.scale(): 有六个数字,分别控制c(intersection size title, intersection size tick  labels, set size title, set size tick labels, set names, numbers above  bars)。

很多时候我们想要看特定的几个集合,UpSetR满足我们的需求。

upset(movies, sets = c("Action", "Adventure", "Comedy", "Drama", "Mystery",  "Thriller", "Romance", "War", "Western"), mb.ratio = c(0.55, 0.45), order.by = "freq")

 R语言可视化UpSetR包怎么使用

文中的参数:

  • mb.ratio: 控制上方条形图以及下方点图的比例

  • order.by: 如何排序,这里freq表示从大到小排序展示,其他选项有degree以及先按freq再按degree排序。

各个变量也可以通过参数keep.order来排序

upset(movies, sets = c("Action", "Adventure", "Comedy", "Drama", "Mystery",  "Thriller", "Romance", "War", "Western"), mb.ratio = c(0.55, 0.45), order.by = "freq",  keep.order = TRUE)

 R语言可视化UpSetR包怎么使用

也可以按group进行展示,这图展示的就是按各个变量自身、两个交集、三个交集&hellip;依次展示。参数cutoff控制每个group显示几个交集。

参数intersects控制总共显示几个交集。

upset(movies, nintersects = 70, group.by = "sets", cutoff = 7)

 R语言可视化UpSetR包怎么使用

还有很多参数比如控制颜色的参数,点、线大小等,具体可查看?upset

queries参数

queries参数分为四个部分:query, param, color, active.

  • query: 指定哪个query,UpSetR有内置的,也可以自定义,说到底就是一个查询函数

  • param: list, query作用于哪个交集

  • color:每个query都是一个list,里面可以设置颜色,没设置的话将调用包里默认的调色板

  • active:被指定的条形图是否需要颜色覆盖,TRUE的话显示颜色,FALSE的话则在条形图顶端显示三角形

内置的intersects query

upset(movies, queries = list(list(query=intersects, params=list("Drama", "Comedy", "Action"), color="orange", active=T),  list(query=intersects, params=list("Drama"), color="red", active=F),  list(query=intersects, params=list("Action", "Drama"), active=T)))

 R语言可视化UpSetR包怎么使用

内置的elements query

此query可以可视化特定交集在不同条件下的情况

upset(movies, queries = list(list(query=elements, params=list("AvgRating", 3.5, 4.1), color="blue", active=T),  list(query=elements, params=list("ReleaseDate", 1980, 1990, 2000), color="red", active=F)))

 R语言可视化UpSetR包怎么使用

自定义一个query

myfunc <- function(row, release, rating){  newdata <- (row["ReleaseDate"]%in%release)&(row["AvgRating"]>rating)  }  upset(movies, queries = list(list(query=myfunc, params=list(c(1950,1960,1990,2000), 3.0), color="red", active=T)))

 R语言可视化UpSetR包怎么使用

添加query图例

upset(movies, query.legend = "top", queries = list(list(query = intersects,  params = list("Drama", "Comedy", "Action"), color = "orange", active = T,  query.name = "Funny action"), list(query = intersects, params = list("Drama"),  color = "red", active = F), list(query = intersects, params = list("Action",  "Drama"), active = T, query.name = "Emotional action")))

 R语言可视化UpSetR包怎么使用

参数attribute.plots

主要是用于添加属性图,内置有柱形图、散点图、热图等

柱形图

upset(movies, main.bar.color = "black", queries = list(list(query = intersects,  params = list("Drama"), active = T)), attribute.plots = list(gridrows = 50,  plots = list(list(plot = histogram, x = "ReleaseDate", queries = F), list(plot = histogram,  x = "AvgRating", queries = T)), ncols = 2))

 R语言可视化UpSetR包怎么使用

散点图

upset(movies, main.bar.color = "black", queries = list(list(query = intersects,  params = list("Drama"), color = "red", active = F), list(query = intersects,  params = list("Action", "Drama"), active = T), list(query = intersects,  params = list("Drama", "Comedy", "Action"), color = "orange", active = T)),  attribute.plots = list(gridrows = 45, plots = list(list(plot = scatter_plot,  x = "ReleaseDate", y = "AvgRating", queries = T), list(plot = scatter_plot,  x = "AvgRating", y = "Watches", queries = F)), ncols = 2), query.legend = "bottom")

 R语言可视化UpSetR包怎么使用

箱线图

箱线图可以展示数据的分布,通过参数boxplot.summary控制,最多可以一次性显示两个箱线图

upset(movies, boxplot.summary = c("AvgRating", "ReleaseDate"))

 R语言可视化UpSetR包怎么使用

还有一个十分重要的功能Incorporating Set Metadata这里就不讲了。

SessionInfo

sessionInfo()  ## R version 3.4.2 (2017-09-28)  ## Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)  ## Running under: Windows 10 x64 (build 15063)  ##  ## Matrix products: default  ##  ## locale:  ## [1] LC_COLLATE=Chinese (Simplified)_China.936  ## [2] LC_CTYPE=Chinese (Simplified)_China.936  ## [3] LC_MONETARY=Chinese (Simplified)_China.936  ## [4] LC_NUMERIC=C  ## [5] LC_TIME=Chinese (Simplified)_China.936  ##  ## attached base packages:  ## [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base  ##  ## other attached packages:  ## [1] UpSetR_1.3.3  ##  ## loaded via a namespace (and not attached):  ## [1] Rcpp_0.12.13 knitr_1.17 magrittr_1.5 munsell_0.4.3  ## [5] colorspace_1.3-2 rlang_0.1.2 stringr_1.2.0 highr_0.6  ## [9] plyr_1.8.4 tools_3.4.2 grid_3.4.2 gtable_0.2.0  ## [13] htmltools_0.3.6 yaml_2.1.14 lazyeval_0.2.0 rprojroot_1.2  ## [17] digest_0.6.12 tibble_1.3.4 gridExtra_2.3 ggplot2_2.2.1  ## [21] evaluate_0.10.1 rmarkdown_1.6 labeling_0.3 stringi_1.1.5  ## [25] compiler_3.4.2 scales_0.5.0 backports_1.1.1

“R语言可视化UpSetR包怎么使用”的内容就介绍到这里了,感谢大家的阅读。如果想了解更多行业相关的知识可以关注创新互联网站,小编将为大家输出更多高质量的实用文章!

网站栏目:R语言可视化UpSetR包怎么使用
网页路径:https://www.cdcxhl.com/article22/gsiojc.html

成都网站建设公司_创新互联,为您提供搜索引擎优化定制网站全网营销推广网站设计虚拟主机品牌网站制作

广告

声明:本网站发布的内容(图片、视频和文字)以用户投稿、用户转载内容为主,如果涉及侵权请尽快告知,我们将会在第一时间删除。文章观点不代表本网站立场,如需处理请联系客服。电话:028-86922220;邮箱:631063699@qq.com。内容未经允许不得转载,或转载时需注明来源: 创新互联

网站优化排名