超纯水设备中微生物生成迅速，一旦膜表面出现细菌群落，很快会生成粘泥膜，造成系统进水压力升高、压差增大、产水量降低。一般膜污染较严重，膜面及流道污染会同时发生。

常规的杀菌方法包括加氯或次氯酸盐、臭氧、紫外线杀菌器等。也可利用DBNPA或异噻磋啉酮等非氧化性杀菌剂对超纯水设备进行冲击式杀菌。当设备发生微生物污染后，要及时进行杀菌以及化学清洗，防止微生物大量繁殖。为防止微生物产生抗药性，要不定期改变杀菌剂种类以及杀菌方式。

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