1、解压压缩包到go工作目录,如解压到E:\opensource\go\go,解压后的目录结构如下:E:\opensource\go\go├─api├─bin│├─go.exe│├─godoc.exe│└─gofmt.exe├─doc├─include├─lib├─misc├─pkg├─src└─test2、增加环境变量GOROOT,取值为上面的go工作目录3、Path环境变量中添加";%GOROOT%\bin",以便能够直接调用go命令来编译go代码,至此go编译环境就配置好了注:如果不想手动设置系统环境变量,也可下载go启动环境批处理附件,修改goenv.bat文件中的GOROOT值为上面的go工作目录后直接双击该bat文件,go编译环境变量即设置完成。4、测试go编译环境,启动一个cmd窗口,直接输入go,看到下面的提示就是搭建成功了E:\opensource\go\gogoGoisatoolformanagingGosourcecode.Usage:gocommand[arguments]Thecommandsare:buildcompilepackagesanddependenciescleanremoveobjectfilesdocrungodoconpackagesourcesenvprintGoenvironmentinformationfixrungotoolfixonpackagesfmtrungofmtonpackagesourcesgetdownloadandinstallpackagesanddependenciesinstallcompileandinstallpackagesanddependencieslistlistpackagesruncompileandrunGoprogramtesttestpackagestoolrunspecifiedgotoolversionprintGoversionvetrungotoolvetonpackagesUse"gohelp[command]"formoreinformationaboutacommand.Additionalhelptopics:gopathGOPATHenvironmentvariablepackagesdescriptionofpackagelistsremoteremoteimportpathsyntaxtestflagdescriptionoftestingflagstestfuncdescriptionoftestingfunctionsUse"gohelp[topic]"formoreinformationaboutthattopic.5、编译helloworld测试程序,go语言包中test目录带有helloworld.go测试程序,源码见"附一helloworld.go",直接调用"gobuildhelloworld.go"就生成了"helloworld.exe"可执行程序,运行一下这个程序看到了我们期望的hello,wolrd。E:\opensource\go\go\testgobuildhelloworld.goE:\opensource\go\go\testhelloworld.exehello,worldE:\opensource\go\go\test附一helloworld.go//cmpout//Copyright2009TheGoAuthors.Allrightsreserved.//UseofthissourcecodeisgovernedbyaBSD-style//licensethatcanbefoundintheLICENSEfile.//Testthatwecandopage1oftheCbook.packagemainfuncmain(){print("hello,world\n")}
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ID转换用到的是 bitr() 函数,bitr()的使用方法:
org.Hs.eg.db包含有多种gene_name的类型
keytypes() :keytypes(x),查看注释包中可以使用的类型
columns() :类似于keytypes(),针对org.Hs.eg.db两个函数返回值一致
select() :select(x, keys, columns, keytype, ...) eg.
函数enrichGO()进行GO富集分析,enrichGO()的使用方法:
举例:
揉了揉眼睛再次确认,没错了,确实报错了,那屏幕上每个红色的字符都仿佛在嘲笑的我的粗浅的知识和自负的勇气。
我用颤抖的手指敲了几下键盘,在Google上搜索着这个错误,在反复浏览了48万毫秒后,自信的笑容逐渐在脸上浮现了出来,对的,没有错,我找到答案了。你也好奇答案是什么对吗? 且听我慢慢道来:
我们只需要使用 chown 命令将 /usr/local/go/pkg/darwin_amd64/ 的权限变更为登录用户即可,具体执行命令如下:
那么问题来了,如何查看当前的 [用户名] 呢?执行 whoami 命令即可:
那么我们最终执行的命令就是:
好了,再次按下 Command + R 执行项目,发现顺畅的如同久逢甘霖的大地和瞬间通畅的便秘,怎一个爽字了得。
不过,好像有个什么问题被我们漏掉了,为什么在之前的老Mac电脑上搭建Go的开发环境没有遇到过这个问题呢? 仔细查了一下,这是一个Golang/go的一个Bug,是因为VSCode Go扩展程序使用 -i 选项导致的。有兴趣的同学可以自行查阅Issue: golang/go#37962
如果这个方案解决了您的问题,请帮忙点赞♥️,让其他同学更直观的看到这个解决方案是有效的。
前面我给大家详细介绍过
☞GO简介及GO富集结果解读
☞四种GO富集柱形图、气泡图解读
☞GO富集分析四种风格展示结果—柱形图,气泡图
☞KEGG富集分析—柱形图,气泡图,通路图
☞ DAVID GO和KEGG富集分析及结果可视化
也用视频给大家介绍过
☞ GO和KEGG富集分析视频讲解
最近有粉丝反映说,利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候,发现GO条目的名字都重叠在一起了。
气泡图
柱形图
这个图别说美观了,简直不忍直视。经过我的认真研究,发现跟R版本有关。前面我给大家展示的基本都是R 3.6.3做出来的图。很多粉丝可能用的都是最新版本的R 4.1.2。
我们知道R的版本在不停的更新,相应的R包也在不停的更新。我把绘制气泡图和柱形图相关的函数拿出来认真的研究了一下,终于发现的症结所在。
dotplot这个函数,多了个 label_format 参数
我们来看看这个参数究竟是干什么用的,看看参数说明
label_format :
a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters
原来这个参数默认值是30,当标签的长度大于30个字符就会被折叠,用多行来展示。既然问题找到了,我们就来调节一下这个参数,把他设置成100,让我们的标签可以一行展示。
是不是还是原来的配方,还是熟悉的味道
同样的柱形图,我们也能让他恢复原来的容貌。
关于如何使用R做GO和KEGG富集分析,可参考下文
GO和KEGG富集分析视频讲解
当前标题:go语言调用r语言命令 go语言orm
转载来于:https://www.cdcxhl.com/article4/ddissoe.html
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