Linux的hmm命令 Linux dh命令

linux sublime text 3怎么调试c++11标准

关于Sublime text3配置编译环境使其支持C++11,在网上找了很多，却发现大部分材料都对Linux和Windows下的环境配置没有做区分，无独有偶在网上找到了一个老外写的有关配置sublime Text3 的内容，十分详细，而且还可以解决在sublime text下编译运行C++不能输入的问题，感觉比国内某些文章写的好多了，特摘抄下来，方便日后使用：

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Linux中查看不到crontab，输入安装命令[root@HMM ~]# yum -y install vixie-cron 后，依旧无crontab

输入crontab试试有没有命令，没有的话安装：

yum install crontabs -y

怎么使用hmmer比对多个query基因

hmmer下载与安装

对于Mac OS/X, Linux, UNIX系统，用源代码编译安装：

% wget % tar zxf hmmer-3.0.tar.gz % cd hmmer-3.0 % ./configure % make % make check

windows系统，直接下载二进制压缩包，解压就可以使用。

hmmer包含的程序

phmmer： 与Blastp类似，使用一个蛋白质序列搜索蛋白质序列库；

phmmer tutorial/HBB HUMAN uniprot sprot.fa

jackhmmer： 与psiBlast类似，蛋白质序列迭代搜索蛋白质序列库；

jackhmmer tutorial/HBB HUMAN uniprot sprot.fa

hmmbuild： 用多重比对序列构建HMM模型；

hmmsearch： 使用HMM模型搜索序列库；

hmmscan： 使用序列搜索HMM库；

hmmalign： 使用HMM为线索，构建多重比对序列；

hmmalign globins4.hmm tutorial/globins45.fa

hmmconvert： 转换HMM格式

hmmemit： 从HMM模型中，得到一个模式序列；

hmmfetch： 通过名字或者接受号从HMM库中取回一个HMM模型；

hmmpress：格式化HMM数据库，以便于hmmscan搜索使用；

hmmstat： 显示HMM数据库的统计信息；

使用HMM模型搜索序列数据库

使用hmmbuild构建HMM模型，输入为Stockholm格式或者FASTA格式的多重比对序列文件（如：tutorial/globins4.sto），命令如下：

hmmbuild globins4.hmm tutorial/globins4.sto

globins4.hmm为输出的HMM模型

使用hmmsearch搜索蛋白质序列数据库，蛋白质序列数据库为FASTA格式，命令如下：

hmmsearch globins4.hmm uniprot sprot.fasta globins4.out

globins4.out为输出的结果文件，如下：

*示例使用官方教程中的示例

使用蛋白质序列搜索HMM数据库

构建HMM数据库，HMM数据库是包含多个HMM模型的文件，可以从Pfam、SMART、TIGRFams下载，也可以自己由多重比对序列集中构建，如：

hmmbuild globins4.hmm tutorial/globins4.sto

hmmbuild fn3.hmm tutorial/fn3.sto

hmmbuild Pkinase.hmm tutorial/Pkinase.sto

cat globins4.hmm fn3.hmm Pkinase.hmm minifam

使用hmmpress格式化数据库，包括压缩以及创建索引，命令如下：

hmmpress minifam

这个步骤可以很快的执行完成，输出的内容如下：

Working… done.

Pressed and indexed 3 HMMs (3 names and 2 accessions).

Models pressed into binary file: minifam.h3m

SSI index for binary model file: minifam.h3i

Profiles (MSV part) pressed into: minifam.h3f

Profiles (remainder) pressed into: minifam.h3p

使用hmmscan搜索HMM数据库，命令如下：

hmmscan minifam tutorial/7LESS_DROME

linux的一个问题

疑惑应该主要在第1点，我的理解是这样的：

第1步的编译，依赖于Vlfeat, Cplex, GSL Cblas（可能用到了里面的文件，假设是a.h），因此直接编译的话是编译不过的，需要你给出这几个文件的路径，

然后编译器才能知道要去哪里找a.h，需要在makefile中加类似如下的信息：

MYINC=-I../../../util/ -I../../include/ -I../../../include/ \ //这里面是Vlfeat, Cplex, GSL Cblas的路径

-I../test/ -I../../util/

而Vlfeat, Cplex, GSL Cblas是什么东西我就不清楚了，因为第1中要求modify，建议你把makefile给出来，有助于大家解答

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