circRNA_finder中如何识别环状RNA

circRNA_finder中如何识别环状RNA，相信很多没有经验的人对此束手无策，为此本文总结了问题出现的原因和解决方法，通过这篇文章希望你能解决这个问题。

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1. STAR比对参考基因组

STAR是一款转录组数据的比对软件，其支持嵌合体的比对方式，也就是说支持一条reads的两个部分比对到不同的基因组区域，而环状RNA的junction reads就是符合这样的要求，代码如下

STAR \
--genomeDir hg19_star_db/ \
--readFilesCommand gunzip -c \
--readFilesIn R1.fastq.gz R2.fastq.gz \
--runThreadN 4 \
--chimSegmentMin 20 \
--chimScoreMin 1 \
--alignIntronMax 500000 \
--outFilterMismatchNmax 4 \
--alignTranscriptsPerReadNmax 100000 \
--twopassMode Basic \
--outSAMtype BAM SortedByCoordinate \
--chimOutType SeparateSAMold \
--outFilterMultimapNmax 2 \
--outFileNamePrefix C1

虽然软件提供了一个名为runStar.pl的脚本，但是由于STAR的版本问题，使用起来并不方便。该脚本本质上是对STAR的封装，直接用STAR就好了，参数设置可以参考脚本中的设置。

2.  运行circRNA_finder

第二步就是预测环状RNA,代码如下

perl \
postProcessStarAlignment.pl \
--starDir star_out_dir \
--minLen 100 
--outDir output_dir

运行完成之后，会三个文件,对应的后缀如下所示

1. _filteredJunctions.bed

2. _s_filteredJunctions.bed

3. _s_filteredJunctions_fw.bed

第一个文件为所有环状RNA的结果文件；第二个文件为剪切位点符合GT-AG剪切信号的环状RNA；第三个文件和第二个文件的环状RNA相同，只不过新增了环状RNA连接点附近的线性RNA平均测序深度信息。通常情况下，我们选择第二个文件的结果作为最终的环状RNA预测结果，该文件内容示意如下

看完上述内容，你们掌握circRNA_finder中如何识别环状RNA的方法了吗？如果还想学到更多技能或想了解更多相关内容，欢迎关注创新互联行业资讯频道，感谢各位的阅读！

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