DENdb数据库有什么用

这篇文章主要为大家展示了“DENdb数据库有什么用”，内容简而易懂，条理清晰，希望能够帮助大家解决疑惑，下面让小编带领大家一起研究并学习一下“DENdb数据库有什么用”这篇文章吧。

成都创新互联专业为企业提供黄山网站建设、黄山做网站、黄山网站设计、黄山网站制作等企业网站建设、网页设计与制作、黄山企业网站模板建站服务，10年黄山做网站经验，不只是建网站，更提供有价值的思路和整体网络服务。

DENdb采用5种不同的方法对人类不同细胞系中的增强子进行了预测，同时还提供了增强子区域与DNA内切酶超敏位点，转录因子结合区域的overlap信息，该数据库网址如下

http://www.cbrc.kaust.edu.sa/dendb/index.php

采用的5种方法列表如下

1. ChromHMM

2. Segway

3. RFECS

4. CSI-ANN

5. ENCODE integrated annotation

该数据库中不同细胞系预测到的增强子数量汇总如下

每种方法对应的增强子数量统计如下

目前该数据库的检索功能已经失效了，只能从下载的文件中查看增强子的相关信息，从下载的enhancers.csv.zip文件中，可以查看每种细胞系中增强子的区间信息，部分文件内容示意如下

从下载的dnase.csv.zip文件中，可以得到DNAse_seq鉴定到的DNAse酶超敏位点，部分文件内容示意如下

从下载的enhancer_dnase.csv文件中，可以得到增强子与DNase酶超敏位点的交集信息，部分文件内容示意如下

类似的从下载文件也可以得到TFBS以及增强子与TFBS的交集信息，同时还提供了增强子靶基因信息，根据enhancer_targets.tsv.zip文件可以得到该信息，部分文件内容示意如下

该数据库中的增强子区间信息是基于hg19版的基因组来定位的， 其预测增强子区间的方法值得借鉴。

以上是“DENdb数据库有什么用”这篇文章的所有内容，感谢各位的阅读！相信大家都有了一定的了解，希望分享的内容对大家有所帮助，如果还想学习更多知识，欢迎关注创新互联行业资讯频道！

分享题目：DENdb数据库有什么用
文章URL：https://www.cdcxhl.com/article14/jjgpge.html

成都网站建设公司_创新互联，为您提供定制网站、定制开发、营销型网站建设、手机网站建设、软件开发、云服务器

广告

声明：本网站发布的内容（图片、视频和文字）以用户投稿、用户转载内容为主，如果涉及侵权请尽快告知，我们将会在第一时间删除。文章观点不代表本网站立场，如需处理请联系客服。电话：028-86922220；邮箱：631063699@qq.com。内容未经允许不得转载，或转载时需注明来源： 创新互联