gromacscpu版安装-创新互联

安装准备

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1. cmake2.8.8 or later

2. C,C++

 3.gromacs包

http://www.gromacs.org/Downloads

安装步骤

1. tar xfz gromacs.tar.gz

2. cd gromacs

3. mkdir build

4. cmake ../

   -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/software/gromacs 指定安装目录

   -DGMX_BINARY_SUFFIX=_5.0.7_s 指定执行文件后缀 默认为gmx（串行单精度），gmx_mpi（并行单精度），gmx_mpi_d(并行双精度)

   -DGMX_LIBS_SUFFIX=_5.0.7_s      库文件后缀

   -DGMX_MPI=ON                            使用mpich编译器build

   -DGMX_OPENMP=ON                    使用openmpi编译器build

   -DGMX_SIMD=None                 specify the level of SIMD support of the node on
      which mdrun will run

   -DGMX_X11=ON

   -DGMX_DEFAULT_SUFFIX=OFF     关掉默认后缀

   -DCMAKE_CXX_COMPILER=icpc     指定C++编译器

   -DCMAKE_C_COMPILER=icc           指定C编译器

   -DBUILD_SHARED_LIBS=ON            构建共享库

   -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON        -DGMX_BUILD_OWN_FFTW_MD5=2edab8c06b24feeb3b82bbb3ebf3e7b3 -DGMX_BUILD_OWN_FFTW_URL=/backup/fftw-3.3.4.tar.gz -DGMX_GPU=OFF -DGMX_DOUBLE=ON    打开双精度默认单精度

   CUDA版需加参数

   -DGMX_GPU=ON -DGMX_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda

   2>&1 | tee cmake.log

5. make && makeinstall

 gromacs4.6.7及之前版本执行文件有100多个，在gromacs5.0到5.0.7之间应该是想逐步对执行命令进行集成，所有的命令都作为gmx命令的软链接出现，在5.1版本之后就只有gmx一个命令了

 cpu版测试命令

 source /opt/software/gromacs-XXX/bin/GMXRC.bash  ###环境变量

 mpirun -np 4 gmx_XXX_s mdrun -s md.tpr -ntomp 1

 cuda版测试命令待更新

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